Zakonom je propisana odgovornost odgovorne osobe institucije (čelnika) i rukovoditelja ustrojstvenih jedinica za razvoj učinkovitog i djelotvornog sustava unutarnjih kontrola.

Odgovorna osoba institucije treba osigurati izradu i provedbu strateških i drugih planova, njihovu usklađenost s programima i financijskim planom institucije, odgovarajuće unutarnje ustrojstvo s jasno definiranim ovlastima i odgovornostima za učinkovitu i djelotvornu provedbu poslovnih ciljeva i korištenje financijskih sredstava dodijeljenih za njihovu provedbu, uspostavu sustava izvještavanja u skladu s prenesenim ovlastima i odgovornostima radi praćenja rezultata i učinaka ostvarenih dodijeljenim financijskim sredstvima, upravljanje rizicima i uspostavu adekvatnih kontrola te informacijskih i komunikacijskih sustava, praćenje i procjenu učinkovitosti i djelotvornosti sustava unutarnjih kontrola, definiranje načina suradnje s institucijama iz nadležnosti, uključujući sustav izvještavanja.

Kako bi sve prethodno navedeno odgovorna osoba institucije mogla osigurati, neophodno je u većim sustavima prenijeti ovlasti i odgovornosti na druge rukovoditelje, što ne isključuje njegovu krajnju odgovornost.

Krajnja odgovornost odgovorne osobe institucije ne može biti opravdanje, odnosno ne oslobađa odgovornosti ostale rukovoditelje u dijelu za koji su oni nadležni .

Za dobro uspostavljen sustav odgovornosti važno je jasno definirati ovlasti i odgovornosti ne samo za realizaciju temeljnih funkcija, već i za realizaciju postavljenih ciljeva, ostvarenih rezultata i za način upravljanja financijskim sredstvima.

Rukovoditelji ustrojstvenih jedinica odgovorni su za razvoj sustava unutarnjih kontrola u svom djelokrugu, što uključuje odgovornost za:

  • utvrđivanje i realizaciju poslovnih ciljeva iz njihove nadležnosti u skladu sa strateškim i drugim    planovima te programima, odobrenim proračunom, odnosno financijskim planom i u skladu sa  zakonima i drugim propisima
  • upravljanje rizicima koji mogu utjecati na ostvarenje poslovnih ciljeva
  • pravilno, etično, ekonomično, učinkovito i djelotvorno upravljanje sredstvima u skladu s  prenesenim ovlastima i odgovornostima
  • praćenje i vrednovanje postignutih rezultata i učinaka
  • razvoj i provođenje kontrola u poslovnim procesima, programima, projektima i aktivnostima radi ostvarenja poslovnih ciljeva ustrojstvenih jedinica i osiguranja pravilnog, etičnog, ekonomičnog, učinkovitog i djelotvornog raspolaganja financijskim sredstvima dodijeljenim institucijama iz nadležnosti

Razvoj financijskog upravljanja i sustava unutarnjih kontrola zahtijeva jačanje odgovornosti rukovoditelja za način upravljanja raspoloživim resursima, obvezama, troškovima i rezultatima i uz to postizanje puno veće ekonomičnosti, učinkovitosti i djelotvornosti u poslovanju. Stoga rukovoditelji snose glavnu odgovornost da osiguraju trošenje u skladu s proračunom, da obaveze ne premaše proračun, da se sredstva troše svrhovito kako bi se podržala cjelokupna politika postizanja ciljeva institucije i da je sve to rađeno na djelotvoran i učinkovit način u smislu dobrog gospodarenja te da su unutarnje kontrole koje obuhvaćaju financije pravilno implementirane u praksi.

S obzirom da je razvoj sustava unutarnjih kontrola u javnom sektoru u potpori boljeg upravljanja prihodima i rashodima, upravljanja imovinom i obvezama, jačanja odgovornosti te postizanja racionalizacije i učinkovitosti u poslovanju javnog sektora prilikom razmatranja unaprjeđenja sustava unutarnjih kontrola rukovoditelji trebaju postavljati sljedeća pitanja:

                                 •   Kako upravljamo prihodima?
                                      •   Kako upravljamo imovinom i obavezama?
                                      •   Imamo li pod kontrolom procese u svojoj nadležnosti?
                                      •   Znamo li gdje je nastao trošak?
                                      •   Ostvarujemo li s našim proračunom postavljene ciljeve?